linux本地blast怎么设置阀值

在本地进行BLAST分析时,可以通过设置一些参数来调整阈值。以下是一些常见的参数设置:

1. E-value阈值：

- 使用 `-e` 或 `-evalue` 参数设置 E-value 的阈值。

- 例如: `blastn -query seq.fasta -db nt -evalue 1e-5`

2. 比对得分阈值：

- 使用 `-s` 或 `-score` 参数设置最小比对得分。

- 例如: `blastn -query seq.fasta -db nt -score 50`

3. 比对长度阈值：

- 使用 `-L` 或 `-length` 参数设置最小比对长度。

- 例如: `blastn -query seq.fasta -db nt -length 100`

4. 一致性阈值：

- 使用 `-p` 或 `-perc_identity` 参数设置最小一致性百分比。

- 例如: `blastn -query seq.fasta -db nt -perc_identity 90`

5. 最大比对数量:

- 使用 `-max_target_seqs` 参数设置最大返回的比对数量。

- 例如: `blastn -query seq.fasta -db nt -max_target_seqs 10`

根据具体的研究目标和数据特点,可以适当调整这些参数,来过滤和筛选BLAST结果。一般来说,较为严格的阈值设置可以得到更准确的结果,但可能会丢失一些潜在的有价值信息。因此需要在准确性和灵敏度之间进行权衡。